吸烟可影响许多药物的治疗作用或增加不良反应。因为烟草中的多环芳烃类化合物，是很强的肝药酶诱导剂，可加速许多药物的代谢。吸烟还能延迟胃内食物的排空时间，如抗酸药西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁等，用于治疗胃、十二指肠溃疡及上消化道出血时，常因吸烟使血管收缩，延迟胃部排空时间，减慢药物在小肠内的吸收速度，导致胃、十二指肠溃疡愈合减慢。烟草中的尼古丁（烟碱）对中枢神经有兴奋作用，可对抗安定、利眠宁等药的镇静催眠作用。长期大量吸烟者，可在气管内膜形成一层烟焦油，影响平喘药气雾剂、硝酸甘油气雾剂在气管内的吸收，使药效降低。